Dr Bong Ye Chen lulus dari Manipal University, India pada tahun 2008. Beliau meraih gelar Master Bedah Umum dari Universitas Malaya pada tahun 2017 dan terakreditasi oleh National Specialist Registry (NSR).

Dengan minat khusus dalam penyakit kolorektal, onkologi permukaan peritoneal, dan bedah minimal invasif, Dr Bong menyelesaikan Program Keterampilan Bedah Kolorektal Lanjutan di Universitas Kebangsaan Malaysia pada tahun 2021. Untuk meningkatkan keahliannya, beliau mengikuti fellowship dalam bedah kolorektal dan pelatihan onkologi permukaan peritoneal di Chang Gung Memorial Hospital, Taiwan, selama 2022/23. Pelatihannya mencakup bedah minimal invasif tingkat lanjut untuk penyakit kolorektal dan manajemen kanker permukaan peritoneal, termasuk Bedah Sitoreduktif, Kemoterapi IntraPeritoneal Hypertermik (HIPEC), dan Kemoterapi Aerosol IntraPeritoneal Bertekanan (PIPAC).

Dr Bong bersertifikat PIPAC dan HIPEC dari International Society for the Study of Pleura and Peritoneum (ISSPP) di Prancis. Selain itu, beliau memiliki sertifikasi dalam Bedah Minimal Invasif dari Asosiasi Bedah Vietnam dan Endo-laparoscopy Surgery serta Diploma Bedah Laparoskopi dari Strasbourg, Prancis.